Емецк — один из старейших русских поселений в Двинской земле
Упоминания о нём встречаются с 1137 года. До XV века Емецк принадлежал новгородцам, но потом вошёл в состав Московского княжества. В XVI столетии здесь было два монастыря. В 1613 году Емецк укрепили острогом, который простоял до 1760 года — тогда случился пожар, уничтоживший большую часть поселения, в том числе и монастыри.
Население Емецка занималось пушным промыслом, рыбной ловлей и выращиванием морозостойких зерновых культур, а также торговлей и отходничеством.
В XVIII веке село стало центром Емецкой трети в Двинском уезде (Архангелогородская губерния). В 1780 году его включили в Холмогорский уезд.